应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！ 故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
演员：植田佳奈 小清水亚美 钉宫理惠 白石凉子 伊藤静 福山润 早见沙织 赤崎千夏 水桥香织 辻步美 大原沙耶香 长妻树里 内田真礼 丰田萌绘 佐藤利奈 茂吕田和江 伊达朱里纱 佳村遥 中津真莉 寿美菜子 野田顺子 中原麻衣 斋贺光希 斋藤千和 清水香里 丰口惠美 进藤尚美 悠木碧 内山夕实 东山奈央 樱井真子 花泽香菜
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