神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
演员：植田佳奈 小清水亚美 钉宫理惠 白石凉子 伊藤静 福山润 早见沙织 赤崎千夏 水桥香织 辻步美 大原沙耶香 长妻树里 内田真礼 丰田萌绘 佐藤利奈 茂吕田和江 伊达朱里纱 佳村遥 中津真莉 寿美菜子 野田顺子 中原麻衣 斋贺光希 斋藤千和 清水香里 丰口惠美 进藤尚美 悠木碧 内山夕实 东山奈央 樱井真子 花泽香菜
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